Historia parafii pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Pierwoszynie jest niezwykle zawiła. Wiąże się ona również z historią innych, sąsiednich parafii. Najpierw, z parafią pw. Św. Michała Archanioła w Oksywiu, która jest niejako „matką” wszystkich okolicznych wspólnot parafialnych, a następnie z historią parafii pw. Św. Antoniego Padewskiego w Kosakowie.
Ośrodek duszpasterski w Pierwoszynie powstał i rozwijał się w burzliwej, pierwszej połowie XX wieku. Wówczas teren ten wchodził w obręb diecezji chełmińskiej. W roku 1915 wikariuszem oksywskiej parafii od zaledwie roku był ks. Alojzy Kaszubowski (1878-1939), młody i energiczny kapłan, znany ze swojej patriotycznej, propolskiej działalności. W tym czasie rządca diecezji chełmińskiej, bp. Rosentreter, dnia 4 września 1915 roku utworzył samodzielną placówkę duszpasterską w Pierwoszynie, której jurysdykcja obejmowała miejscowości: Rewa, Mechelinki, Mosty, Kosakowo, Dębogórze i Stefanowo. Trzydziestosiedmioletni kapłan zajął się wówczas organizowaniem życia duszpasterskiego i zarządem powołanej do istnienia, nowej administracji kościelnej. Według Directorium z 1919 roku, ks. Kaszubowski miał w Pierwoszynie początkowo status wikariusza lokalnego (vicarius locali), później zaś proboszcza tytularnego. Ożywiał życie religijne przez zakładanie stowarzyszeń kościelnych, działał w ramach Towarzystwa Ludowego, a w latach 1918-1920 zorganizował liczne wiece informujące na temat toczącej się pierwszej wojny światowej oraz sytuacji politycznej Polski w rozgrywkach politycznych. Utrzymywał też kontakt z licznymi działaczami polskimi, np. z Antonim Abrahamem czy Józefem Stefanem Klebbą. Ponieważ decyzją władz niemieckich po wybuchu wojny w 1914 roku została zawieszona działalność wszelkich stowarzyszeń i związków, również Dom Ludowy w Pierwoszynie musiał zamknąć swoje podwoje. Ks. Kaszubowski wykorzystał tę sytuację do utworzenia w zamkniętym budynku kaplicy, która odtąd służyła duszpasterstwu nowo powstałego ośrodka. Dzięki ogromnemu zaangażowaniu mieszkańców pobliskich wiosek, zaledwie w trzy miesiące udało się adoptować jej pomieszczenia do celów kultu religijnego.
Pierwoszyńska kaplica, która stanowiła centrum życia duchowego okolicznych mieszkańców, przeżywała w swojej historii wzniosłe wydarzenia, takie jak wizyty Sługi Bożego biskupa Konstantyna Dominika, który gościł tutaj nie tylko ze względów duszpasterskich, ale także odwiedzając swoją drugą mamę Marcjannę, zamieszkałą w pobliskich Mostach u rodzonej siostry biskupa - Marii Klebba z domu Dominik, czy też nawiedzając z wizytą rodzonego brata Alojzego, mającego gospodarstwo rolne w Mechelinkach. 31marca 1916 roku ks. Konstantyn Dominik (późniejszy biskup), poświęcił w pierwoszyńskiej kaplicy stacje drogi krzyżowej wygłaszając zachowane do dziś długie kazanie na temat znaczenia Męki Pańskiej. Innym ważnym uwagi wydarzeniem była msza święta prymicyjna, celebrowana przez Sługę Bożego Stefana Bolesława Radtke (1890-1940), urodzonego w Dębogórzu, a sprawującego po raz pierwszy Eucharystię właśnie tutaj, dnia 17 czerwca 1924 roku.
Kaplica w Pierwoszynie pełniła swoją funkcję przez prawie 18 lat. Ze względu na brak jednomyślności rolników z Pierwoszyna, co do kwestii ofiarowania ziem pod budowę kościoła parafialnego, plebanii i cmentarza, inicjatywę podjęli właściciele ziemi z Kosakowa, przekazując odpowiednią działkę na zagospodarowanie przez kościół. Z tego względu Pierwoszyno pozostało siedzibą parafii jeszcze w roku 1932/1933, co potwierdza Ordo et Elenchus pro 1933 wydane w Pelplinie w 1932 roku. Następnie, od roku 1934 rolę tę przejęło Kosakowo, zaś nazwa Pierwoszyna w kościelnych schematyzmach pozostaje otulona w nawias i figuruje już później jako druga nazwa wspólnoty parafialnej.
Źródło, które swój początek, z woli Bożej miało w Pierwoszynie, z ludzkich względów przeniosło się do sąsiedniego Kosakowa, które odtąd stało się siedzibą parafii. I choć w Kosakowie szybko udało się wybudować plebanię (lata 1926-1927) oraz kościół (został poświęcony 25 grudnia 1932 r.), to nadchodzące działania wojenne miały położyć kres dynamicznie rozwijającej się parafii. Jesienią roku 1939 na ziemi kosakowskiej miały miejsce najkrwawsze boje całej kampanii wrześniowej, wskutek czego kościół parafialny w Kosakowie został uszkodzony. W opinii świadków mógł on zostać wyremontowany niewielkim kosztem, jednak okupanci wysadzili dynamitem budynek w powietrze, a jego resztki rozebrali aż do fundamentu. Pierwszy proboszcz – ks. Alojzy Kaszubowski został zaś rozstrzelany w lasach piaśnickich. Po zakończeniu działań wojennych, przy pomocy parafii marynarki wojennej z Oksywia, postawiono drewniana kaplicę, w której do dziś sprawuje się nabożeństwa.
Od tego czasu rozpoczęły się też starania o uzyskanie zgody na budowę nowego kościoła, w miejsce świątyni zniszczonej w czasie wojny. Pozwolenie takie uzyskał dopiero w 1981 roku ksiądz proboszcz Zygmunt Karczewski, jednak ze względu bliskość lotniska wojskowego w Babich Dołach, władze długo nie wyrażały zgody na lokalizację kościoła w Kosakowie. Tak więc od roku 1984, przez dziesięć lat wierni wznosili dom Boży w pobliskim Pierwoszynie. I w ten sposób historia zakreśliła koło. Ukoronowaniem wysiłków parafian stała się świątynia pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Pierwoszynie, a nie jak pierwotnie zakładano w Kosakowie.
Konsekracji kościoła dokonał 14 września 1994 roku abp Tadeusz Gocłowski. Początkowo pierwoszyński kościół pw. Podwyższenia Krzyża Świętego traktowany był, jako filialny i podlegał on parafii Kosakowo, jednak dekretem abp. Tadeusza Gocłowskiego z 15 sierpnia 1999 roku została na nowo ustanowiona parafia w Pierwoszynie, a lokalna świątynia stała się kościołem parafialnym. Dekret powołujący do istnienia nową parafię określił jej granice: "Nowa Parafia powstaje z podziału dotychczasowej Parafii Kosakowo w ten sposób, że granica jej biegnie od północy brzegiem Zatoki Puckiej, od wschodu brzegiem Zatoki Gdańskiej do lotniska wojskowego w babich Dołach, od południa wzdłuż granicy administracyjnej miejscowości Pierwoszyno (przedłużenie pasa startowego lotniska wojskowego), od zachodu zaś wzdłuż granicy administracyjnej miejscowości Dębogórze, a następnie jezdnia asfaltową do wysypiska popiołów, obejmuje miejscowości: Pierwoszyno, Mosty, Rewa, Mechelinki" (§2. Dekretu).
Dzień konsekracji kościoła był wielkim, osobistym świętem ks. proboszcza Zygmunta Karczewskiego, który doprowadził do końca wielkie dzieło budowy. Metropolita Gdański docenił ten trud nadając proboszczowi godność kanonika.
Po sześciu latach od ustanowienia parafii, Metropolita Gdański dokonał kolejnego podziału administracyjnego, dekretem z dnia 16 maja 2005 roku powołując do istnienia nową parafię pw. św. Rocha w Rewie (swoim terenem obejmuje ona sołectwo Rewa).
Po pierwszym proboszczu księdzu kanoniku Zygmuncie Karczewskim – założycielu i budowniczym kościoła, funkcję pasterza wspólnoty parafialnej objął ks. Stanisław Ziółkowski ustanowiony proboszczem 15 sierpnia 2007 roku. Ks. Stanisław sukcesywnie kontynuował prace przy świątyni parafialnej oraz troszczył się o duszpasterstwo parafialne. Mając zamiłowanie do podróżowania rozwinął w parafii ruch pielgrzymkowy. Dał się poznać jako wrażliwy człowiek, dobry gospodarz i miłośnik muzyki. Posługę na urzędzie proboszcza parafii pełnił do śmierci, która nastąpiła po długiej chorobie, w dniu 28 lutego 2020 roku.
Dnia 11 marca 2020 roku kolejnym proboszczem parafii ustanowiony został ksiądz kanonik Rafał Dettlaff.
Aktualnie parafia dynamicznie się rozrasta. Powstaje wiele nowych osiedli i ulic. Rodzima ludność kaszubska coraz bardziej miesza się z przybyszami z terenów Trójmiasta, dalszych okolic, a nawet dalekich terenów Polski. Bliskość „Małego Morza” zachęca do kupna apartamentów i budowy własnych domów. Parafia stara się odpowiadać na potrzeby duchowe mieszkańców. Powstają nowe grupy i inicjatywy duszpasterskie. Budowanie na mocnym fundamencie tradycji i otwartość na to, co Opatrzność zaplanowała na przyszłość, rodzą nowe pomysły i działania duszpasterskie.
Aktualnie w parafii powstaje kaplica adoracji pw. św. Józefa, rozwijany jest kult świętych i błogosławionych przez uroczyste wprowadzanie ich relikwii, a także – po okresie pandemii - dynamizują się istniejące wspólnoty i powstają nowe. Do grup działających w parafii należy zaliczyć: Wspólnoty Żywego Różańca, Wspólnotę modlitewno-biblijną „Betania”, Nieustający Różaniec, Domowy Kościół, Parafialny Zespół Caritas, Duszpasterstwo Tradycji Katolickiej, Apostolstwo Dobrej Śmierci, Wspólnotę Adoracji Najświętszego Sakramentu, Grupę kobiet „Urzekająca”, Grupę pielgrzymkową, Liturgiczną Służbę Ołtarza, Scholę Liturgiczną, Wspólnotę Porządkową, czy Rady parafialne.
